Половые пути женщины можно представить как совокупность участков нескольких типов, включающих плоский эпителий влагалища, цилиндрический эпителий шейки матки и уникальную среду цервикальных желёз. Для этих участков характерны определённые биохимические и физиологические свойства, что и обусловливает их заселение различными  видами микроорганизмов. В женских половых органах постоянно происходят циклические изменения, связанные прежде всего с функцией яичников. Следовательно, нормальную микрофлору влагалища можно представить в виде динамической (изменяющейся) системы, подверженной в физиологических условиях гормональному влиянию менструального цикла, ритма половой жизни, беременности, индивидуальных гигиенических мероприятий. На микрофлору воздействуют инвазивные диагностические и лечебные манипуляции, применение антибиотиков, цитостатиков, гормональных препаратов, ионизирующее излучение, хирургические вмешательства и др. Однако, несмотря на постоянные изменения, влияния, воздействия микрофлора половых органов относительно  постоянна. Понимание этого факта скрыто за недостаточно изученными механизмами саморегуляции микробного сообщества макроорганизма. Особенность нормальной микрофлоры половых путей женщин — многообразие её видового состава, представленное в течение всей жизни строгими и факультативными анаэробами и, в значительно меньшей степени, аэробными и микроаэрофильными микроорганизмами. Формирование и становление микробиоценоза (совокупность    микроорганизмов,   заселяющих определённый участок, и связаных между собой и со средой и т.д.) влагалища отражает этапы эволюции женских половых органов.

                                 Микрофлора женских половых органов в зависимости от  возраста женщины                                                                                                                          (По материалам Rottapharm)

    Микробиоценоз влагалища у женщин репродуктивного возраста в норме состоит из постоянно обитающих микроорганизмов   и транзиторных (  случайная микрофлора)     Постоянно обитающая микрофлора превосходит случайную по численности популяции, однако количество видов, представляющих постоянно обитающие микроорганизмы, не так велико, как видовое разнообразия  случайных микроорганизмов.

Общая численность транзиторных микроорганизмов в норме не превышает 3–5% от всего  количества микроорганизмов микробиоценоза.

У здоровых женщин детородного возраста общее количество микроорганизмов в вагинальном отделяемом составляет 6-8*104 КОЕ/мл. Их разнообразие достигает 40 и более видов.

Видовой состав нормальной микрофлоры вульвы, влагалища и цервикального канала женщин в  детородном возрасте:

* Микроорганизмы с наибольшим клиническим значением.

            Частота выявления различных видов микроорганизмы во влагалище здоровой женщины.                                                                               (  KenTodar's 2006 KennethTodarUniversityofWisconsin-MadisonDepartmentofBacteriology).                       

Staphylococcus epidermidis 50-100%

Staphylococcus aureus 25%

Streptococcus mitis 25%

Enterococcus faecalis 25%

Streptococcus pneumoniae 0-5%

Streptococcus pyogenes 0-5%

Neisseria sp. 25%

Neisseria meningitidis 25%

Enterobacteriaceae (Escherichia coli) 25%

Proteus sp. 25%

Bacteroides sp. 0-5%

Lactobacillus sp. 50-100%

Corynebacteria 25%

Mycoplasmas 25%

    В настоящее время для оценки состояния микрофлоры влагалища используют оригинальную классификацию микроскопической характеристики биоценоза влагалища (Кира Е. Ф., 1995), разработанную с учётом достижений клинической микробиологии и современных диагностических возможностей .  В ней отражены 4 типа (состояния) микробиоценоза влагалища, микроскопические признаки каждого типа и соответствующие каждому типу нозологические формы:

Предложенная классификация сочетает в себе микробиологическую интерпретацию влагалищного мазка, характеристику клинической картины и соответствующую конкретную нозологическую форму, определяющую решение о необходимости лечения. Классификация отражает современный уровень знаний и интерпретацию как микробиологических  (бактериоскопических), так и клинических данных.

     Но в практической работе для оценки  состояние микрофлоры влагалища, в зависимости от ее состава, чаще используют понятие «степень чистоты влагалища». Различают несколько степеней чистоты влагалища женщин:

1-я степень: реакция среды кислая, большое количество палочек Дедерлейна (лактобациллы), других видов микроорганизмов почти нет;

2-я степень: реакция среды слабокислая, палочек Дедерлейна мало, в микробиоценозе появляется кокковая флора - стрептококки, стафилококки, обнаруживаются единичные лейкоциты;

3-я степень: реакция среды нейтральная или слабощелочная, единичные палочки Дедерлейна, кокки превалируют, лейкоцитов - до 40 в поле зрения;

4-я степень: реакция щелочная, палочек Дедерлейна нет вообще, большое количество кокков, могут быть другие виды микроорганизмов - энтеробактерии, бактероиды, лейкоциты в огромном количестве.

3-я и 4-я степени чистоты влагалища женщины свидетельствуют о наличии  инфекционного и/или воспалительного процесса урогенитального тракта.                                                                      

Микрофлора влагалища в норме — один из факторов неспецифической резистентности (от лат. resistentia — сопротивление, противодействие). Однако в определённых условиях (после родов, абортов, гинекологических операций) микроорганизмы могут вызывать инфекционные заболевания, а участки половых путей с  этой микрофлорой  становятся источниками инфицирования.